Le thème principal de 2 Timothée est un appel audacieux à rester ferme face à l’opposition et à la souffrance à cause de l’évangile. Alors que Paul approche de la mort (4, 6-8), il écrit à son « fils bien-aimé » (1, 2) afin de l’encourager dans la foi, malgré les épreuves et les dévastations qui peuvent survenir. Dans cette lettre, Paul mentionne que plusieurs amis l’ont abandonné et que d’autres sont partis pour leurs propres voyages. Par conséquent, l’un des principaux objectifs de cette lettre était de demander à Timothée de rendre visite à Paul en prison et de lui indiquer qui et quoi emmener avec lui avant sa mort (4 : 9, 4 : 21, 4 : 11-13). 

Le deuxième objectif que nous voyons dans cette lettre vient d’une portée plus large. Dans la dernière lettre de Paul, nous le voyons raconter la fidélité de Dieu dans la vie de Timothée et réfléchir sur leur relation. De nombreux érudits pensent qu’il s’agit d’un discours d’adieu de Paul. En gardant cela à l’esprit, nous voyons que le deuxième objectif de Paul en écrivant ceci est de laisser à Timothée une dernière lettre d’encouragement personnel, d’instruction et de sagesse pour son ministère (1:5-14, 2:1-16, 2:22- 26, 3:10-4:5).